MacArthur viếng thăm Hạ nghị viện Úc tháng 3 năm 1942

Sau khi Hoa Kỳ vào cuộc trong Chiến tranh thế giới thứ hai, MacArthur trở thành tư lệnh Đồng Minh tại Philippines. Ông gây nhiều tranh cãi trong nhiều vụ, đặc biệt khi ông gạt bỏ ý kiến của tư lệnh không quân của ông là Tướng Lewis H. Brereton khi ông này xin lệnh mở các cuộc không kích của Hoa Kỳ chống các căn cứ Nhật Bản trên đất Đài Loan lân cận theo một kế hoạch ban đầu trước chiến tranh. MacArthur từ chối, ngược lại lệnh khẩn cấp của ông[2][3], và thay vì thế ông lại ra lệnh cất các máy bay để tránh chúng bị Nhật Bản tấn công tiêu diệt; phân nửa tổng số máy bay bị phát hiện và bị tiêu diệt trong lúc tiếp nhiên liệu[4], mở màn cho một cuộc tấn công chiếm đóng của Nhật Bản trên đất Philippines. Có một số người không tin vào những nhận định của Tướng Brereton về các sự kiện này. Trong hồi ký của Geoffrey Perret có tựa là Old Soldiers Never Die (Những người lính xưa không bao giờ chết) cho rằng trường hợp này là do sự lơ là của các sĩ quan cấp trung, đơn giản là họ thích phong cảnh ở Căn cứ Không quân Clark. Những người khác như nhà viết tiểu sử Alan Schom thì tuyên bố rằng MacArthur tự tách biệt khoảng mấy giờ đồng hồ sau khi nhận được báo cáo về vụ Tấn công Trân Châu Cảng và từ chối họp mặt hay ra lệnh cho Tướng Brereton phân tán các máy bay Mỹ[5].

Một trong các lỗi lầm lớn nhất của MacArthur là phòng thủ Luzon. Bộ Tham mưu đã nhận định trước chiến tranh rằng phòng thủ là không thực tiễn. Vì vậy, kế hoạch đối phó với một cuộc tấn công đổ bộ của Nhật Bản là thi hành một cuộc rút lui trật tự các lực lượng cùng với trang thiết bị và dự trữ về pháo đài vững chắc trên bán đảo Bataan. Tuy nhiên, MacArthur vứt bỏ kế hoạch này khi quân đội Nhật Bản tấn công đổ bộ vì ông nghĩ rằng ông có thể đánh bại quân Nhật trên chiến trường. Tuy vậy quân Nhật liên tiếp đánh vào sườn lực lượng của ông bằng cách đưa trận chiến ra biển, đánh rồi rút quanh lực lượng của ông. Cuối cùng, lực lượng Hoa Kỳ tháo chạy mà không có đồ dự trữ tiếp liệu và lương thực mà họ cần để về pháo đài Bataan. Sau một cuộc kháng cự kéo dài nhiều tháng, họ bắt buộc phải đầu hàng, đơn giản là vì hết lương thực.

Tổng hành dinh của MacArthur trong chiến dịch Philippines 1941-1942 nằm trên pháo đài đảo Corregidor; chuyến đi duy nhất của ông đến tiền tuyến ở Bataan khiến ông thành đề tài cho biệt danh và bài hát ngắn chế diễu "Dugout Doug" (Douglas trốn dưới hầm). Tuy nhiên, pháo đài của MacArthur được đánh dấu rõ và là mục tiêu của các cuộc không kích của Nhật Bản cho đến khi Manuel Quezon nhắc nhở MacArthur "đừng để chính ông gặp nguy hiểm". Tháng ba năm 1942, khi lực lượng Nhật Bản xiết chặt vòng vây trên lãnh thổ Philippines, MacArthur được lệnh của Tổng thống Roosevelt rời Philippines sang Melbourne, Úc sau khi Tổng thống Quezon đã rời Philippens. Cùng với vợ ông, con trai bốn tuổi và một nhóm cố vấn, tư lệnh quân sự cấp dưới được chọn, MacArthur cuối cùng tháo chạy khỏi Philippines trên tàu PT 41 do Đại úy John D. Bulkeley chỉ huy và vượt thoát thành công một cuộc săn đuổi quy mô của Nhật tìm kiếm ông. MacArthur đến Mindanao vào ngày 13 tháng 3 và lên oanh tạc cơ Pháo đài Bay B-17 ba ngày sau đó. Ngày 17 tháng 3, ông đến Sân bay Batchelor ở Lãnh thổ Bắc của Úc cách Darwin 60 dặm (100 km) về phía nam trước khi bay đến Alice Springs nơi ông đáp xe lửa Ghan đến Adelaide, Nam Úc. Bài diễn văn nổi tiếng của ông trong đó ông nói "I came out of Bataan and I shall return" (Tôi đến từ Bataan và tôi sẽ trở lại) được viết ở Terowie, Nam Úc ngày 20 tháng 3. Trong thời gian đó, Tổng thống Quezon trao tặng MacArthur Huân chương Bội tinh Philippines (Philippine Distinguished Conduct Star).

MacArthur được tặng thưởng Huân chương Vinh dự (Medal of Honor) vì lãnh đạo phòng thủ Philippines. Arthur và Douglas MacArthur là cha con đầu tiên được tặng thưởng Huân chương Vinh dự. Cả hai vẫn là cha con duy nhất được như thế cho đến năm 2001 khi Theodore Roosevelt được tặng thưởng một sau khi mất vì đã phục vụ trong Chiến tranh Tây Ban Nha-Mỹ. Theodore Roosevelt, Jr. đã nhận được một vì phục vụ trong Chiến tranh thế giới thứ hai.

Tướng MacArthur trở lại Philippines

MacArthur được bổ nhiệm là Tư lệnh Tối cao Tổng lực lượng Đồng Minh trong Vùng Tây Nam Thái Bình Dương (Southwest Pacific Area). Thủ tướng Úc là John Curtin đặt MacArthur trong vai trò tư lệnh quân sự Úc. Lực lượng Úc, theo sau cuộc bao vây Philippines, đạt quân số đông hơn tổng lực lượng Mỹ của MacArthur. Tổng lực lượng Đồng Minh dưới quyền tư lệnh của ông bao gồm một con số nhỏ các nhân sự từ Đông Ấn thuộc Hà Lan và các nước khác. Một trong các nhiệm vụ đầu tiên của MacArthur là trấn an người Úc vì họ sợ một cuộc xâm lăng của Nhật Bản. Chiến cuộc vào lúc này chủ yếu là xung quanh và tại New Guinea và Đông Ấn thuộc Hà Lan. Vào ngày 20 tháng 7 năm 1942, Tổng hành dinh của Vùng Tây Nam Thái Bình Dương được dời sang Brisbane thuộc bang Queensland, Australia, đóng trong tòa nhà của Hiệp hội Bảo hiểm AMP (sau này hay được gọi là Trung tâm MacArthur).

Các chiến thắng của Úc ở Trận Vịnh Milne và Chiến dịch Kokoda Track xảy ra cuối năm 1942, đây là các chiến thắng đầu tiên của các lực lượng Đồng Minh trên bộ khắp nơi chống Nhật Bản. Khi được báo cáo rằng Sư đoàn 32 Hoa Kỳ, một đơn vị Vệ binh Quốc gia thiếu kinh nghiệm của Hoa Kỳ, tỏ ra thiếu khả năng trong cuộc tấn công của Đồng Minh vào Buna và Gona là các vị trí đổ bộ chính của Nhật Bản tại miền đông bắc New Guinea, MacArthur ra lệnh cho tư lệnh Quân đoàn I Hoa Kỳ là Robert L. Eichelberger nắm giữ quyền chỉ huy trực tiếp các cuộc hành quân của Đồng Minh:

Bob, tôi đưa anh đến chỉ huy tại Buna. Hãy cách chức Harding... tôi muốn anh loại bỏ tất cả sĩ quan nào không muốn chiến đấu. Hãy cách chức các chỉ huy trung đoàn và tiểu đoàn; nếu cần, đưa trung sĩ phụ trách tiểu đoàn và hạ sĩ chỉ huy đại đội... Bob, tôi muốn anh chiếm được Buna, hoặc đừng sống sót trở về... Và cũng như vậy đối với tham mưu trưởng của anh luôn.[6]

Tư lệnh tổng lực lượng trên bộ của Đồng Minh, Tướng Thomas Blamey, không muốn Sư đoàn 41 Hoa Kỳ, một đơn vị Vệ binh Quốc gia khác cũng thiếu kinh nghiệm, tiếp viện cuộc công kích Gona, và thay vào đó yêu cầu Lữ đoàn 21 Úc được phái tới vì "ông biết là họ sẽ chiến đấu"[7]. Tuy nhiên, một trung đoàn của Sư đoàn 41 Hoa Kỳ được phái đến Gona.

Tháng ba năm 1943, Tham mưu trưởng liên quân chấp thuận chiến lược lớn của MacArthur, được biết với tên gọi Chiến dịch Cartwheel, nhắm mục tiêu chiếm căn cứ chính của Nhật Bản ở Rabaul với quan điểm chiến lược là dùng nó như các căn cứ tiền phương. Trong năm 1944 chiến lược này được thay đổi và Rabaul bị bỏ qua để mặc. Ban đầu, phần lớn các lực lượng trên bộ của ông là người Úc, nhưng lực lượng quân sự Hoa Kỳ đến mỗi ngày một đông, bao gồm Thủy quân lục chiến, Quân đoàn 6 (lực lượng Alamo), và sau đó cả Quân đoàn 8. Ngoài ra, ông đưa thêm vào cuộc một số lượng lớn các tàu ngầm được triển khai trong những nhiệm vụ được gọi là "tàu ngầm du kích" (guerrilla submarine)[8] và tấn công đường hàng hải Nhật Bản[9].

Tướng MacAthur ký văn bản chấp nhận sự đầu hàng của Nhật Bản vào ngày 2 tháng 9 năm 1945

Việc MacArthur sử dụng không lực trong chiến dịch New Guinea được nhiều sử gia xem là lần đầu tiên lợi dụng sức mạnh không quân để ảnh hưởng chiến cuộc trên bộ. Cuộc tiến công của các lực lượng trên bộ của ông trên bờ biển dài 1.500 dặm (2.400 km) theo trình tự đặc biệt trên các vùng đất được chọn sẵn có khả năng biến thành các đường phi đạo cho máy bay hỗ trợ chiến thuật. Bằng cách tiến quân từng bước một luôn trong tầm của các máy bay oanh tạc chiến đấu của mình (tiêu biểu là P-38 Lightning), ông có thể duy trì được lợi thế không quân cho các chiến dịch trên bộ của ông. Điều này đã cung cấp trợ chiến bằng không quân gần kề và tối hệ trọng (oanh tạc các vị trí quân địch) và cũng không cho kẻ địch tiếp tế bằng đường biển và đường không, chia cắt hữu hiệu các lực lượng Nhật Bản khi chúng bị tấn công. Chiến tranh trên bộ thời hiện đại dựa vào khái niệm này, người đầu tiên thực hiện hoàn hảo là tư lệnh tổng lực lượng không quân của MacArthur là Tướng Không lực Hoa Kỳ George Kenney[3][10].

Tổng lực lượng Đồng Minh dưới quyền tư lệnh của MacArthur đổ bộ lên Đảo Leyte vào ngày 20 tháng 10 năm 1944 thực hiện lời hứa của MacArthur là trở lại Philippines. Họ củng cố vị trí trên quần đảo trong Trận Luzon sau trận đánh ác liệt và mặc dù có một cuộc phản công bằng hải quân rất lớn của Nhật Bản trong trận vịnh Leyte. Với việc tái chiếm quần đảo, MacArthur dời tổng hành dinh của mình về Manila nơi ông thông báo kế hoạch xâm chiếm Nhật Bản cuối năm 1945. Cuộc xâm chiếm được đánh phủ đầu bằng vụ ném bom nguyên tử xuống Hiroshima và Nagasaki và vào ngày 2 tháng 9 năm 1945, MacArthur tiếp nhận sự đầu hàng chính thức của Nhật Bản, kết thúc Chiến tranh thế giới thứ hai.

MacArthur được thăng cấp bậc mới là Thống tướng ngày 18 tháng 12 năm 1944. Bộ quân hàm 5 sao Thống tướng đầu tiên của ông được một thợ bạc người Philippines làm vào tháng 12 năm 1944 bằng cách nấu chảy các đồng tiền bằng bạc của Hoa Kỳ, Philippines, Anh, Úc và Hà Lan, những quốc gia mà có quân dưới quyền tư lệnh của ông lúc đó.

Tổng thống Philippines Sergio Osmeña cũng trao tặng ông phần thưởng quân sự cao quý nhất của Philippines, đó là Anh dũng Bội tinh (Medal of Valor).